Kurokami Medaka, uma estudante do primeiro ano, é eleita presidente do conselho estudantil com 98% dos votos. Sua primeira ação é estabelecer uma caixa de sugestões, que os alunos logo apelidam de “Medaka Box”. Ela incentiva todos a colocarem seus problemas na caixa, prometendo resolvê-los sem hesitação. Como Medaka é a única eleita para o conselho, ela convida seu amigo de infância, Hitoyoshi Zenkichi, para se juntar a ela como membro.