Kafka Hibino, um homem de 32 anos, é membro da Professional Kaiju Cleanup Corp. Ele prometeu a sua amiga de infância, Mina Ashiro, se juntar à Força de Defesa para proteger o Japão de Kaiju. No entanto, Kafka reprovou várias vezes no vestibular e desistiu do seu sonho. Mina se tornou capitã da 3ª Divisão das Forças de Defesa. Após uma série de eventos infelizes, Kafka encontra Leno Ichikawa, um recruta ambicioso. Ele então encontra um kaijuu parasita que entra pela sua boca e o transforma em um monstro humanóide. Com seus novos poderes, Kafka decide dar uma última chance ao seu sonho.