Ao retornarem das férias de verão, os alunos da Classe 3-E da prestigiada Escola Kunugigaoka enfrentam desafios imensuráveis. Além da ameaça de aniquilação mundial, eles precisam elaborar métodos criativos para matar seu professor, o astuto e otimista Koro-sensei. Entretanto, eliminar Koro-sensei não é sua única preocupação. O diretor Gakuhou Asano, cruel e implacável, busca sabotar a Classe 3-E. Para isso, ele transforma os demais alunos em máquinas de estudo obsessivamente competitivas. A tensão aumenta à medida que traidores e assassinos externos tentam reivindicar a recompensa pela cabeça de Koro-sensei. No centro do conflito está Nagisa Shiota, um dos assassinos mais habilidosos da turma. Enquanto luta para equilibrar suas responsabilidades acadêmicas e a missão de salvar o mundo, ele enfrenta dificuldades pessoais que ameaçam seu lugar na classe. Junto com seus colegas, Nagisa deve encarar cada ameaça com coragem e determinação.